著作
単著
『単一民族神話の起源――<日本人>の自画像の系譜』(新曜社 1995年)
『<日本人>の境界――沖縄・アイヌ・台湾・朝鮮：植民地支配から復帰運動まで』(新曜社 1998年)
『インド日記――牛とコンピュータの国から』(新曜社 2000年)
A Genealogy of ‘Japanese’ Self-images (Trans Pacific Press; English Edition, March 2002, Translated by David Askew)
『<民主>と<愛国>――戦後日本のナショナリズムと公共性』(新曜社 2002年)
『清水幾太郎――ある戦後知識人の軌跡』(御茶の水書房 2003年)
『市民と武装――アメリカ合衆国における戦争と銃規制』(慶應義塾大学出版会 2004年)
『対話の回路――小熊英二対談集』(新曜社 2005年)
『日本という国――よりみちパンセ』(理論社 2006年→増補改訂版 イースト・プレス 2011年)
『1968』(全2巻 新曜社 2009年)
『私たちはいまどこにいるのか――小熊英二時評集』(毎日新聞社 2011年)
『社会を変えるには』(講談社現代新書 2012年)
『生きて帰ってきた男--ある日本兵の戦争と戦後』(岩波新書 2015年)
『アウトテイクス』(慶應義塾大学出版 2015年)
共著
(上野陽子)『<癒し>のナショナリズム――草の根保守運動の実証研究』(慶應義塾大学出版会 2003年)
(鶴見俊輔・上野千鶴子)『戦争が遺したもの』(新曜社 2004年)
(姜尚中)『在日一世の記憶』(集英社新書 2008年)
(赤坂憲雄・山内明美)『「東北」再生――その土地をはじまりの場所へ』(イーストプレス 2011年)
(貴戸理恵・菅原琢・中澤秀雄・仁平典宏・濱野智史)『平成史』(河出ブックス 2012年)